Kirchlengern liegt im Ravensberger Hügelland zwischen Teutoburger Wald und Wiehengebirge. Die Else durchquert das Gemeindegebiet von Westen her und mündet in die Werre, die einen Teil der östlichen Grenze bildet.

Südlich der Else erhebt sich der "Kahle Berg" bis zu 148 m gegenüber 52 m Höhenlage der Else an der Werremündung.

Höchste Erhebung ist der "Kahle Berg" (Reesberg) (148 m) im Süden der Gemeinde.

Die landschaftliche Umgebung des Naherholungsgebietes "Reesberg", bietet viel Gestaltungsspielraum für Freizeit, Sport und Erholung.

Die Gemeinde liegt 10 km nördlich der Kreisstadt Herford und 4 km östlich der Stadt Bünde.
Das Gemeindegebiet erstreckt sich von den südlichen Ausläufern des Wiehengebirges im Norden bis zur Else und darüber hinaus über das Elsetal hinweg bis zum "Kahlen Berg" im Süden.
In der naturräumlichen Gliederung gehört Kirchlengern zur Ravensberger Mulde im unteren Weserbergland.